6、維生素
有些微生物細胞內還含有數量不等、種類不同的維生素，如阿舒假囊酵母和棉阿舒囊黴細胞內含有較多的核黃素；丙酸杆菌屬和放線菌菌絲體中含有較多的維生素B12。
7、抗生素
在目前研製和生產的8000多種抗生素中，約有70%是由微生物產生的，而其中又以放線菌最為突出。
8、無機鹽類
無機元素約占細胞幹重的10%，包括磷、硫、鎂、鐵、鉀和鈉等。一般以磷的含量為最高，約占全部灰分的40%。但在硫細菌中含有較高量的硫，鐵細菌中含鐵豐富。這些無機元素在細胞中除少數以遊離狀態存在外，大部分都以無機鹽形式存在或結合於有機物質中。
除上述一些主要物質外，有些微生物細胞中還含有色素、毒素等。
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