一、稱量錯誤
天平稱量不準確、計算稱量錯誤導致配製培養基的濃度不正確，都有可能導致出現部分沉澱。
二、培養基PH值不正確
偏酸或偏堿的pH都有可能使培養基中的部分金屬離子產生沉澱。
三、水質不佳
多數培養基的製備需要使用純化水、去離子水配製，而天然水中含有含有較多的礦物鹽離子，若錯誤的使用了自來水，礦泉水配製，或使用的純化水離子未除淨，都有可能導致培養基滅菌後出現渾濁現象或沉澱（磷酸鹽含量高的培養基更易出現此類問題）。
四、滅菌方式不正確或滅菌過度
含有不耐熱成分的培養基，若滅菌過度或加熱過度，都有可能導致滅菌後的培養基顏色不正確或出現沉澱。如亞硒酸氫鈉胱氨酸增菌液（SC），正常製備好的培養基應為淡黃色透明液體，澄清無沉澱，若加熱過度則培養基中亞硒酸氫鈉分解，最終製備的培養基會出現紅色沉澱。
五、容器不幹淨
新開封的容器或容器清洗不幹淨，內壁留有雜質，都會導致滅菌後的培養基中有雜質出現。
六、溶解不充分
培養基滅菌前應充分攪拌熱至完全溶解，方可進行滅菌。若滅菌前未將培養基溶解完全就進行滅菌處理，滅菌後易出現絮狀或團塊狀沉澱，如Fraser培養基含有大量磷酸鹽，若滅菌前未進行充分溶解，滅菌過程中磷酸鹽易結成塊滅菌後不溶解。
七、培養基本身就有沉澱
培養基配方中無機鹽成分較多或培養基本身含有不溶性成分，滅菌後會有沉澱存在，此為正常現象，不影響使用。例如MC、TTB、BS等，配方中含有不溶物，滅菌後有沉澱。
八、添加劑加入時溫度不正確
卵黃、血液等對溫度敏感的添加成分，若加入時溫度過高或溫差過大，易出現凝塊或絮狀沉澱。
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