在真核微生物中，有的能產生單倍體的有性孢子，這類微生物和高等動植物一樣，能進行有性雜交，通過減數分裂中的染色體交換和隨機分配而導致基因重組。
有些微生物不產生有性孢子。它們可通過準性生殖而進行基因重組。準性生殖是一種較為低級的有性生殖過程。準性生殖過程可分為3個階段。
1、形成異核細胞
具有不同性狀的兩株菌絲互相連接，進行質配，兩個不同基因型的核獨立存在。這樣的菌絲體稱為異核體。異核體微生物在 自然界也很普遍。
2、形成二倍體
異核細胞不夠穩定，二倍體細胞較為穩定。異核體中不同基因型的2個核有少數可發生細胞融合，進行核配，形成二倍體核。如進行誘變處理，則可獲得較多的二倍體。二倍體的分生孢子較單倍體的大。
3、體細胞交換和單元化
二倍體雖然比較穩定，但穩定性是相對的，其後代仍有一些分離現象。通過分離，可獲得少數分離子。
在分離過程中，染色體有可能發生交叉而產生重組體；或者喪失一整套染色體，形成單倍體；或者或多或少喪失不完整的一套染色體，形成非整倍體。在這裏，產生重組體的過程稱為體細胞交換。產生非整倍體或單倍體的過程稱為單元化。
由於準性生殖中進行雜交的兩種單倍體細胞 以及雜交後形成的二倍體細胞，在形態上一般沒有顯著區別，所 以常采用營養缺陷型菌株作為雜交親本。通過雜交，能夠形成在基本培養基上生長的單菌落，從而篩選出二倍體細胞。
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