微生物與人體之間同樣存在著寄生關係。如果某種或某些微生物侵人人體，那麽在一定的條件下，就有可能給宿主帶來健康上的危害，引發疾病。能引起生物體發生病變的微生物稱為病原微生物。病原微生物經適當的途徑侵入機體後，在一定的部位生長繁殖，釋放毒性物質，與宿主發生鬥爭，引起不同程度的病理過程。這個過程稱為傳染。也有的微生物侵入機體後，不造成宿主感染，這類微生物稱為非病原微生物。病原微生物與非病原微生物的概念並非絕對的。有些微生物在正常條件下可能不致病，但在某些條件改變的特殊情況下可能致病。這類微生物稱為條件致病微生物或機會致病微生物。
致病微生物侵入機體以後，在發生傳染的同時，也激發宿主迅速做出反應，辨認自我和非 自我，並對非自我產生應答，與之對抗，盡力排除外來幹擾，直至徹底消滅外來“入侵者”，而保持自身穩定。機體的這種抗傳染的防禦功能，稱之為免疫，或稱免疫力。免疫是生物在長期進化過程中逐漸發展起來的防禦感染和維護機體本身完整的重要武器。它是宿主的一種生理機能，能防止病原微生物侵入自己的機體或消滅侵入機體內的病原微生物。在正常情況下，機體的免疫功能對本身有利；但在異常情況下，有時可能對機體造成損害。
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