1.LB瓊脂：
此培養基為非選擇性固體培養基，常用於分子生物學中大腸杆菌的培養，也可用於大腸杆菌活化和純菌計數。可在培養基用加入對應的抗生素（如青黴素、四環素、卡那黴素等）進行特定轉基因大腸杆菌的篩選。
2.伊紅美藍瓊脂（EMB）：
此培養基為弱選擇性培養基，不僅適用於大腸杆菌的分離培養和計數，也適用於大腸菌群的分離培養。大腸杆菌由於強烈發酵乳糖產酸，菌落通常為紫黑色，帶有綠色金屬光澤（也有一些大腸杆菌菌落不帶金屬光澤），大腸菌群發酵乳糖產酸稍弱，菌落通常為紅色或粉紅色，無金屬光澤，不發酵乳糖的其他腸道菌通常為無色或淡紅色菌落。因分離效果較弱，此培養基更常用於大腸杆菌或大腸菌群多管發酵法中陽性管的確認。
3.麥康凱瓊脂：
檢驗分離腸道菌最常用的培養基，在藥典中用於大腸杆菌的檢測，在食品標準用於腸道致病菌的分離。培養基中較多的膽鹽及結晶紫對大多數革蘭氏陽性菌有很強的抑製效果，大腸杆菌由於強烈發酵乳糖產酸，在培養基上菌落為桃紅色，並且菌落周圍通常有明顯的沉澱環，大腸菌群同樣能發酵乳糖產酸，菌落也為桃紅色，致病性的腸道菌則通常因不發酵乳糖（如誌賀氏菌、沙門氏菌、變形杆菌等）菌落呈無色。此培養基由於對大腸杆菌的專一性較弱（大腸菌群和大腸杆菌的菌落特征比較接近），若樣品中大腸菌群的含量比較高，分離大腸杆菌的效果並不理想。
4.大腸杆菌顯色培養基/TBX培養基：
利用酶底物法原理，對於大腸杆菌的分離和計數有高度的特異性，大腸杆菌特有的β-葡萄糖醛酸苷酶可分解培養基中的底物，使菌落呈藍綠色，而大腸菌群和其他大多數雜菌通常為無色或其他顏色，革蘭氏陽性菌大多數不生長。特別是在幹擾菌較多的情況下，顯色培養基的分離率要遠高於其他的培養基，缺點是價格較高，還有極少數大腸杆菌不產生β-葡萄糖醛酸苷酶，不能顯色（如腸出血性大腸埃希氏菌O157菌）。此培養基適用範圍較廣，食品、水、環境等均可檢測。
5.哥倫比亞MUG培養基/MUG營養瓊脂：
原理與顯色培養基相同，大腸杆菌可利用β-葡萄糖醛酸苷酶特異性分解MUG，在紫外燈下產生熒光，特異性較強，極少數不產生β-葡萄糖醛酸苷酶的大腸杆菌不產熒光。但此培養基沒有選擇性，多數雜菌都能生長，因此通常隻用於含菌量較少的水中大腸杆菌計數。
6.VRBA-MUG培養基：
在VRBA基礎上添加了MUG，相比較於哥倫比亞MUG培養基，VRBA-MUG培養基具有選擇性，可抑製革蘭氏陽性菌的生長，大腸杆菌和大腸菌群可在此培養基中生長呈紫紅色菌落，周圍有沉澱環，由於添加了MUG，在紫外燈下照射時，大腸杆菌菌落可有熒光反應，而大腸菌群則沒有熒光。此培養基一般用於食品中大腸杆菌的檢驗和計數。
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