培養基的配製原則針對不同的微生物，不同的營養要求可以有不同的培養基。但是，它們的配製必須遵循一定的原則。
（1）營養物質應滿足微生物的需要
不同營養類型的微生物對營養的需求差異很大，應根據所培養菌種對各營養要素的不同要求進行配製。針對四大類微生物，一般可以采用現成配方的培養基。如細菌采用肉湯蛋白腖培養基、放線菌采用高氏一號合成培養基、酵母采用麥芽汁培養基及黴菌采用查氏合成培養基。
(2）營養物的濃度及配比應恰當
營養物的派度太低，則不能滿足微生物生長的需要，濃度太高，又會抑製微生物的生長。如糖和鹽都是良好的營養物質，但是，濃度升高，則有抑菌作用。
(3）物理化學條件適宜
① pH值
各類微生物一般都有其生長繁殖的最適pH值。細菌的最適pH值一般在7.0~8.0，放線菌在pH7.5~8.5間，酵母菌在pH13.8~6.0間，黴菌在pH14.0~5.8之間。對於具體的微生物菌種來說，它們都有各自特定的最適pH值範圍，有時會大大突破上述界限。
在微生物生長繁殖過程中的代謝產物會引起培養基pH值改變，尤其是不少微生物有很強的產酸能力，如不適當地加以調節，就會抑製甚至殺死其自身。培養基的滅菌過程也會引起培養基pH值變化。高溫處理過程中，一些大分子發生分解，造成PH值下降。
② 其他
培養基的其他物化指標也將影響微生物的培養。培養基中水的活度應符合微生物的生理要求；大多數微生物適合在等滲的環境下生長，而有些細菌如金黃色葡萄球菌，則能在3mol/L NaCl的高滲溶液中生長。
(4）根據培養的目的
培養基的成分直接影響著培養的目標。在設計培養基時必須考慮是要培養菌體，還是要積累菌體代謝產物，是實驗室培養還是大規模發酵等問題。
用於培養菌體的種子培養基營養成分應豐富，尤其是氮源含量宜高，即碳氮比值低。相反，用於積累大量生產代謝產物的發酵培養基，其氮源一般應比種子培養基稍低。當然，若發酵產物是含氮化合物時，有時還應該提高培養基的氮源含量。
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