1、菌種保藏原理
選用優良的純種，最好是休眠體（分生孢子、芽孢等），創造一個是微生物代謝不活潑，生長繁殖受抑製，難以突變的環境條件。其環境要素是幹燥、低溫、缺氧、缺營養以及添加保護劑等。
2、菌種保藏常用方法
（1）定期移植保藏法
將菌種接種於適宜的斜麵或液體培養基，也可進行穿刺培養，待生長成健壯的菌體（對數期細胞、有性孢子或無性孢子）後，將菌種放置4℃冰箱保藏，每間隔一定時間需重新移植培養一次。芽孢杆菌每3~6個月移種一次，其他細菌每月移種一次。此方法最早使用且至今仍普遍使用。
（2）液體石蠟保藏法
在生長良好的斜麵表麵覆蓋一層無菌的液體石蠟，液麵高出培養基1cm，將其置試管架上以直立狀態低溫保藏。此方法是定期保藏法的補充。
（3）沙管保藏法、土壤保藏法
取河沙過24目篩。用10%-20%的鹽酸沒泡除去有機質，洗滌，烘幹，分裝入安瓿管，加塞滅菌。需要保藏的菌株先用斜麵培養基培養，再用無菌水製成細胞或孢子懸液，將10滴懸液注入裝有洗淨、滅菌河沙的沙管內，使細胞或孢子吸附在沙上，放到幹燥器中吸幹沙中的水分，將幹燥後的沙管用火焰熔封管口。可以室溫或低溫保藏。土壤法以土壤代替河沙，不需酸洗，經風幹、粉碎、過24目篩，分裝滅菌後，同上製備。此法適用於芽孢杆菌，梭狀芽孢杆菌、放線菌和一些絲真菌的保藏。
（4）麩皮保藏法
或稱曲法保藏，將麩皮(也可用各種穀物代替）水或其他培養基成分以一定的比例拌勻，加水或培養液與麩皮的比例為1:0.8或1:1克1:1.5，原則是按照不同菌種對水分要求不同而定。將拌勻的麩皮分裝在試管或安瓿管等容器中，裝入的麩皮應保特疏鬆，不要緊壓。高溫滅菌後，將隨種的孢子液接入。適宜溫度下培養，直至長出菌絲。再放在幹燥器中幹燥後，20℃以下溫度保藏。也可將小管用火焰熔封。常用於放線菌和黴菌的保藏。
（5）蒸餾水保藏法
每個試管中裝5ml滅菌的無菌水，用接種針從斜麵或平板上挑取一環菌種細胞，接入蒸餾水中並使之懸浮，試管用無菌的橡皮塞塞緊，放置10℃低溫保藏。需用時，可從管內移出一環接到培養基上，而原來的管加塞後仍可繼續保藏。此法是最簡單的保藏方法。
（6）冷凍幹燥保藏法
將菌液在凍結狀態下升華其中水分，最後獲得幹燥的菌種樣品。此方法是目前被廣泛推崇的方法。
（7）液態超低溫保藏法
將菌種懸浮封存於圓底安瓿管或塑料的液氮保存管（材料應耐受較大溫差驟然變化）內，放到-196℃~-150℃的液氮罐或液氮水箱內保藏。此方法已被公認為當前最有效的菌種長期保存技術之一，適用範圍最廣的微生物保藏法。
（8）甘油保藏法
菌種懸浮在10%（體積分數）甘油蒸餾水，置低溫（-80~70℃）保藏。實際中，常將待保藏菌培養至對數期的培養液直接加到已滅過菌的甘油中，並使甘油的終濃度在10%~30%左右，再分裝於小離心管中，置低溫保藏。基因工程常用此法保藏。
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