微生物的個體特別微小、群體外貌不顯、種間雜居混生、形態與其作用的後果之間很難被人認識，這些都是導致人類在其曆史發展中長期對微生物缺乏認識的障礙性因素，而整個微生物學發展史就是逐步攻克這些障礙，不斷探究微生物的生命活動規律，從而更好地開發利用有益微生物以及控製與消滅有害微生物的曆史。
如果對微生物學發展史進行簡要的分期，我們可以將它分為5個時期：史前期、初創期、奠基期、發展期、成熟期。接下來我們簡單介紹史前期和初創期。
（一） 史前期
時間：約8000年前——1676年
實質：朦朧階段
開創者：各國的勞動人民，其中以我國的製曲和釀酒技術最為著名
這一時期人類還未能發現微生物的個體，廣大勞動人民都是憑借生產生活中的實踐經驗自發地利用有益微生物。
（二） 初創期
時間：1676年——1861年
實質：形態描述階段
開創者：列文虎克，微生物學的先驅者
這一時期開始出現單式顯微鏡，借助顯微鏡成功觀察到了細菌等微生物的個體；列文虎克出於個人興趣對一些微生物進行了形態的描述，首次揭示了一個嶄新的微生物世界。
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