微生物的新陳代謝錯綜複雜，微生物的代謝調節呈現多係統、多層次的特點，酶的調節是微生物代謝的重要調節方式之一。微生物細胞內的遺傳物質上存儲著能催化所有生化反應所需的酶以及調節酶活性的信息。微生物可以按照適應環境的需要調節酶的表達（即酶蛋白的合成）及調節酶的活性（及酶的激活或抑製）。酶的調節方式可以分為酶合成的調節和酶活性的調節。具體如下：
一、酶合成的調節
通過調節酶合成的量來控製微生物代謝速度的調解機製。
1、酶的誘導：環境物質促使微生物細胞中合成酶蛋白的現象。
① 同時誘導 加入一種誘導劑後，微生物能同時或幾乎同時合成幾種酶，它主要存在於較短的代謝途徑中，合成這些酶的基因由同一個操縱子（一組功能上相關的基因）所控製。
② 順序誘導 第一種酶的底物會誘導第一種酶的合成，第一種酶的產物又可以誘導第二種酶的合成，依此類推合成一係列的酶。
2、酶合成的阻遏：在某代謝途徑中，當末端產物過量時，微生物的調節體係就會阻止代謝途徑中關鍵酶在內的一係列酶的合成，從而徹底地控製代謝，減少末端產物合成。
① 末端代謝產物阻遏 代謝途徑末端產物的過量積累而引起酶合成的（反饋）阻遏。
② 分解代謝物阻遏 當細胞內同時存在兩種可利用底物（碳源和氮源）時，利用快的底物會阻遏與利用慢的底物有關的酶合成。這種阻遏並不是由於快速利用底物直接作用的結果，而是由這種底物分解過程中產生的中間代謝物引起。
二、酶活性的調節
通過改變酶分子的活性來調節代謝速度。相比於酶合成調節，此方式更直接、見效快。發生在蛋白質上的調節。
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