細胞內含物是細胞質內形狀比較大的顆粒狀構造，主要有以下四類：
（1）貯藏物
貯藏物主要是貯存營養物質，它是不同化學成分累積成的不溶性顆粒。貯藏物的種類豐富，有碳源及能源類，例如糖原、聚β—羥丁酸（PHB）、硫粒等；有氮源類，例如藻青素、藻青蛋白等；還有比較特殊的“異染粒”，通常形成於含磷較豐富的環境中。
（2）磁小體
磁小體存在於少數趨磁細菌中，大小較為均勻，數目不等，形狀有平截八麵體、平行六麵體或六棱柱體等。磁小體的成分是Fe3O4，在外麵有磷脂、蛋白質或者糖蛋白膜包裹。磁小體有導向功能，也有很好的實用前景。
（3）羧酶體
羧酶體存在於部分自養細菌細胞內，形狀為多角形或六角形，約等於噬菌體的大小。
（4）氣泡
存在於大多光能營養型、無鞭毛運動水生細菌中，呈泡囊狀，裏麵有柱形小空泡，充滿氣體，外部有蛋白質膜包裹。氣泡具有調節細胞比重，使其漂浮在最適水層中的作用，以便獲得光能、氧氣、營養物質。
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