將發酵液稀釋後塗布在固體培養基表麵(即塗布法)，也可將經過滅菌後冷卻至45~50℃的固體培養基與一定稀釋度和體積的菌懸液混合(即混勻澆注法)，凝固後培養適當時間，測定菌落形成單位的數目。塗布法不易使菌落均勻分布，從而影響菌體計數。混勻澆注法較易使菌落均勻分布，但分布在培養基內的部分細胞所形成的菌落較小，甚至無法形成菌落，這會影響菌體計數。所以兩種方法各有利弊，可酌情選用。不同菌種的菌落大小不同，一般應將樣品中的菌濃度控製在9cm培養皿中能生長50~500個CFU為佳。通常是先將待測樣品作一係列稀釋，每個稀釋度在三個以上的平皿中培體積的離心管養生成菌落，取其平均值，根據合適的稀釋度的平皿菌落數進行含菌量計算。
平皿菌落計數法可以反映樣品中活菌的數量。該法要求菌體呈分散狀態，否則單個菌落未必就是單個細胞形成的，所以，它較適合於細菌和酵母菌等單細胞微生物計數，不適於黴菌等多細胞微生物。如果培養基或培養條件不恰當，有些細胞也不能形成菌落，從而影響細胞計數。一個細胞一般要傳25代，才會形成肉眼容易看到的菌落。也有人將培養基放在固定於載玻片上的小環中，將細胞接種到這種微型平板上，經短時間培養後，將它們移到顯微鏡下觀測菌落數目。與以上平皿計數法相比，它能更快地獲得結果。
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