一般的篩選菌株方法的處理量仍是很大的，稀釋分離工作非常繁重。而且有些高產變異的頻率很低，在幾百個單細胞中並不一定能篩選到，所以，建立特殊的篩選方法是極其重要的。
1.營養缺陷型突變株的篩選
經誘變處理後的菌懸液在篩選前一般應先進行誘變後培養，以促使變異細胞發生分離，防止出現表型延遲現象，篩選出不純的菌株。營養缺陷型的篩選一般包括濃縮、進一步檢出和鑒別營養缺陷型等步驟。
（1）濃縮營養缺陷型菌
誘變後的細胞群體中大部分存活是野生型，而營養缺陷型占的比例相當小，這對分離是很不利的，所以，應該淘汰大量的野生型，以達到濃縮營養缺陷型的目的。常用的濃縮方法有抗生素法、菌絲過濾法、差別殺菌法和饑餓法等。
（2）進一步檢出所需缺陷型
濃縮後的菌液中養缺陷型的比例較大，但並非全部都是。並且營養缺陷型中也有不同的類型。還需要進一步檢出所需要的營養缺陷型。這樣就需要采用逐個檢出法、夾層培養法和限量補給法等方法進一步檢出所需要的營養缺陷型。
（3）營養缺陷型的鑒定
獲得的營養缺陷型菌株還應進一步確認其生長的所需物。菌株較少時，可用生長譜法，若菌株較多時，常采用組合補充培養基法。
2.抗性突變菌株的篩選
抗性突變株的篩選相對比較容易，隻要有10-6頻率的突變體存在，就容易篩選出來抗性突變株的篩選常用的有一次性篩選法和階梯性篩選法兩種手段。
（1）一次性篩選法
一次性篩選法就是指在對出發菌株完全致死的環境中，一次性篩選出少量抗性變異株。
（2）階梯性篩選法
藥物抗性即抗藥性突變株可在培養基中加入一定量的藥物或對菌體生長有抑製作用的代謝物結構類似物來一次性篩選，大量細胞中少數抗性菌在這種培養基平板上能長出菌落。但是在相當多的情況下，無法知道微生物究竟能耐受多少高濃度的藥物，這時，藥物抗性突變株的篩選需要應用階梯性篩選法。階梯篩選法包括梯度平板法或紙片擴散法兩種。
3.組成酶變異株的篩選
許多水解酶是誘導酶，隻有在含有底物或底物類物的培養環中，做生物才會合類、所以，誘導酶的生產不僅需要誘導物，而且受到誘導物的種類、數量以及分解產物的影響。能迅速利用的碳源（如葡萄糖）往往會引起酶合成的減少，誘導物有時又比較昂貴。這些都可能造成這些水解酶工業生產的波動以及生產成本提高。如果控製這些酶的合成的調節基因發生了變異，誘導酶就可能轉變成組成酶，它的合成與細跑的其他組織蛋白一樣，不再需要誘導物的存在。由誘導型的出發菌株誘變篩選出組成型變異株對於水解酶的工業生產具有重要的現實意義。具體的篩選方法有恒化器法、循環培養法和誘導抑製物法。
4.高分子廢棄物分解菌的篩選
隨著石油化工和塑料工業的發展，各種高分子包裝廢棄物日益增多，在自然界很難消化而進入物質循環。設法選育能分解利用這些高分子材料的微生物對於環境保護至關重要。這些高分子材料大多是不溶於水的，直接分離具有分解功能的微生物很困難。通過階段式篩選法，首先尋找能在與聚乙二醇結構相似的含兩個醚鍵的三甘醇上生長的微生物，接著，誘變篩選能分解聚乙二醇的變異株；或者篩選能以乙二醇、丙二醇為碳源的菌株，繼而誘變篩選出能利用聚乙二醇等物質的變異株。這種由簡單的聚合物單體入手逐級篩選高分子廢棄物分解菌也許是一條有效的篩選思路。
5.無泡菌株及高凝聚性的選
有指在發酶過程中會產生大量的泡沫，從而造成發酵也得滿溢，增大了染菌的機會，使發酵體係反應不均勻，也有可能引起某些發酵產物的生物活性喪失，如蛋白酶變性失活。為了避免泡沫的產生，常常需通過犧牲發酵液的裝量或加入大量的消泡劑來消除泡沫的不利影響。發酵過程產生泡沫是菌體代謝、培養基和發酵工藝等方麵的原因造成的，而菌種是產泡沫的關鍵，選育無泡沫或少泡沫菌株可以從根本上解決泡沫問題。
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