芽孢，是部分細菌在生長發育後期於細胞內形成的休眠構造，其特點是呈圓形或橢圓形、厚壁、含水量低、抗逆性強。
芽孢沒有繁殖功能，能產芽孢的細菌種類也很少，主要是G+細菌的兩個屬——好氧性的芽孢杆菌屬和厭氧性的梭菌屬。
芽孢可以稱得上是生命界中抗逆性最強的構造，具有非常強勁的抗熱、抗化學藥物、抗輻射性能。比如，肉毒梭菌的芽孢置於沸水中要經過最少五小時才會失去活性；巨大芽孢杆菌的抗輻射能力要比E.coli細胞強36倍。芽孢的休眠能力也是十分驚人的，在常規生存環境中，其生命通常可以維持幾年至幾十年，也有文獻記載有的芽孢可休眠數千年。
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