芽孢的結構是比較複雜的，我們可以對此作如下歸納說明：
1、孢外壁
主要成分是脂蛋白，透性比較差。孢外壁是部分芽孢含有的結構，有些芽孢沒有這一層。
2、芽孢衣
主要成分是疏水性角蛋白，能夠抵抗酶解和藥物，多價陽離子很難通過。
3、皮層
主要成分是芽孢肽聚糖和DPA-Ca，體積比較大，滲透壓高，含水量較大。
4、芽孢的核心構造，包括芽胞壁、芽孢質膜、芽孢質、核區。
芽胞壁含有肽聚糖，能夠發展為新細胞的細胞壁；
芽孢質膜含有磷脂和蛋白質，能夠發展成新細胞的膜；
芽孢質含有DPA-Ca、核糖體、RNA以及酶類；
核區含有DNA。
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