利用微生物進行發酵的工業常會遭到菌體的危害。如抗生素、味精、有機溶劑和釀酒發酵經常會遭受噬菌體汙染。各種發酵係統在汙染噬菌體後，往往出現明顯的異常現象，如：碳源和氨源的消耗減慢，發酵周期延長，PH值異常變化，泡沫驟增，發酵液色澤和稠度改變，出現異常臭味，菌體裂解和減少，引起光密度降低和產物銳減等。汙染嚴重時，無法繼續發酵，應將整罐發酵液報廢(即倒罐)。
1、汙染原因
噬菌體汙染的原因之一是發酵菌種本身。幾乎所有的菌都可能是溶源性的，都有產生噬菌體的可能。而且一種菌產生兩種以上噬菌體的情況也很多，最多的甚至可產生8種噬菌體。另外，也有可能發酵菌種不純或混有噬菌體，因此，保藏的菌株和新分離的菌株在用於工業生產前應做產生噬菌體的試驗，以確保發酵生產不被噬菌體汙染。
好氧發酵的空氣過濾係統失效或發酵環境中存在大量的噬菌體等原因也很容易加劇噬菌體汙染。
2、防治措施
(1) 杜絕噬菌體的各種來源。應定期監測發酵罐、管道及周圍環境中噬菌體的數量變化。噬菌體易受熱(60~70℃時加熱5~10min)變性，對氧化物敏感可被酸、堿致死。能使蛋白質變性的化學藥品，如0.5%甲醛、1%新潔而滅、0.5%苯酚或漂白粉等都可殺滅噬菌體。應采取相應的措施消除設備中的缺陷和不合理部分，避免發酵罐和管道內的死角。空氣過濾係統應嚴格滅菌，並確保幹燥。對可能沾汙噬菌體的地麵可灑放漂白粉或石灰等。車間的排氣係統應有分離裝置，要合理設計排水溝道。
(2) 控製活菌體的排放。活菌體是噬菌體生長繁殖的首要條件，控製其排放能消除環境中出現特定的噬菌體。生產中的搖瓶液、取樣液、廢棄菌液或發酵液等均應滅菌後經管道排放；發酵罐的排氣和可能發生發酵逃液的地方應接入裝有殺菌藥物的容器；已經被噬菌體汙染的發酵液應在80℃處理25min後，再送往提取工段或向陰溝排放。放罐後應對空罐和管道進行嚴格滅菌，提取後留有菌體的廢棄液應經密閉下水道向遠離發酵車間和空壓機房的地方排放。
(3) 使用抗噬菌體菌株和定期輪換生產用菌。選育和使用抗噬菌體的生產菌株是一種較經濟有效的手段。定期輪換生產菌種養可以防止某種噬菌體汙染擴大，並能使生產不會因噬菌體汙染而中斷。
(4) 噬菌體汙染後的補救措施。針對噬菌體對其宿主範圍要求嚴格的特點，可以準備發酵特征基本相近而又不相互抑菌的不同菌株，一旦發生噬菌體汙染後，可以大量接入另一菌種的種子液或發酵液，繼續進行發酵，以達到減少損失、避免倒罐的目的。當早期發現噬菌體侵染且殘糖較高時，可以先將溫度升至85~95℃，維持10~15min，這樣既能夠盡量減少培養基中營養成分被破壞，又可以殺滅噬菌體。然後再補充一些促進細胞生長的玉米漿等，重新接入大量種子，就可以繼續進行發酵。低劑量的氯黴素和四環素等抗生素能阻止噬菌體的發展，但對菌體沒有明顯的抑製作用，發酵液中適當加入抗生素可以起到防治噬菌體的作用。
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