篩選的手段必須配合不同篩選階段的要求，對於初篩，要力求快速、簡便；對於複篩應該做到精確，測得的數據要能夠反映將來的生產水平。
1. 從菌體形態變異分析
有時，有些菌體的形態變異與產量的變異存在著一定的相關性，這就能很容易地將變異菌株篩選出來。盡管相當多的突變菌株並不存在這種相關性，但是在篩選工作中應盡可能捕捉、利用這些直接的形態特征性變化。當然，這種鑒別方法隻能用於初篩。
2. 平血快速檢測法
平皿快速檢測法是利用菌體在特定固體培養基平板上的生理生化反應，將肉眼觀察不到的產量性狀轉化成可見的“形態”變化。具體的有紙片培養顯色法、變色圈法、透明圈法、生長圈法和抑製圈法等。一般隻能定性或半定景用，常隻用於初篩。
3.搖瓶培養法
搖瓶培養法是將待測菌株的單菌落分別接種到三角瓶培養液中，振蕩培養，然後，再對培養液進行分析測定，搖瓶與發酵罐的條件較為接近，所測得的數據就更有實際意義。但是搖瓶培養法需要較多的勞力、設備和時間，所以，搖瓶培養法常用於複篩。但若某些突變性狀無法用簡便的形態觀察或平血快速檢測法等方法檢測時，搖瓶培養法也可用於初篩。
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