細菌的細胞質中常含有各種顆粒，大多為細胞的儲藏物。內含物的多少隨菌齡和培養條件不同而有較大變化。其成分主要為糖類、脂類、含氮化合物及無機鹽等。常見的內含物主要有以下幾種。
① 異染顆粒，又稱捩轉菌素。最早在迂回螺菌中發現，呈強堿性，可被甲苯胺蘭、次甲基蘭等藍色堿性染料染成紅色，呈現出所謂因光異色現象。其主要成分為多聚偏磷酸鹽，是線狀分子。功能是儲存磷元素和能量。當環境(培養基中缺乏磷時，它可作為磷的補充源，也可降低胞的滲透壓。白喉杆菌和鼠疫杆菌具有特征性異染顆粒，因此異染顆粒在菌種鑒定中有一定作用。
② 聚β-羥丁酸,簡稱PHB,是許多細菌細胞質內常含有的碳源類儲藏物，不溶於水，易被脂溶性染料，如蘇丹黑著色。它具有儲藏碳源、能源和降低細胞內滲透壓的作用。PHB是相容性較好的生物材料，可製成易降解且無毒的醫用塑料器皿和外科用的手術針和縫線。
③ 肝糖原和澱粉粒。肝糖原和澱粉粒都是α-1,4，或α-1,6,糖苷鍵的葡萄糖聚合物。細菌的多糖貯存物通常較均勻地分布在胞內，顆粒較小，隻能在電鏡下觀察到。若這類貯存物大量存在時，可以用碘使其染色，並在光學顯微鏡觀測到。肝糖原的鏈短、分枝多，而且顆粒較小，可被碘液染成紅色，而澱粉的鏈長、分枝少，可被碘液染成藍色。
④ 硫滴，某些硫細菌，如貝氏硫細菌和絲硫細菌等自養細菌的細胞內常含有強折光性的硫滴。它是硫元素的儲藏體，也可被這些細菌作為能源利用。納米比亞硫磺珍珠菌是目前已知的最大細菌，巨大的胞體使它們有足夠的空間儲存至少3個月的營養物。
⑤ 脂肪粒，折光性也很強，可被脂溶性染料染色。細胞生長旺盛時，脂肪粒數量隨之增多，細胞遭破壞後，脂肪粒可遊離出來。
⑥ 液泡，許多活細菌細胞內有液泡，可用中性紅染色。液泡內充滿水和鹽，有時還有異染顆粒和類脂等。液泡具有調節滲透壓的功能，還可與細胞質進行物質交換。
⑦ 磁小體，磁性細菌能合成磁鐵，並將其儲存在稱為磁小體的有膜小泡中。磁性內含物使這些細菌會對磁場做出反應。遊向磁極的行為稱為趨磁性。趨磁行為可以幫助這些厭氧菌向食物(鐵氧化物) 豐富而氧氣較少的沉積物方向運動。
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