一、常見革蘭氏陽性杆菌
需氧或兼性厭氧芽孢杆菌：常見有枯草芽孢杆菌、蠟樣芽胞杆菌、嗜熱脂肪芽孢杆菌等，菌落通常較大，呈不規則狀，菌落表麵有通常不光滑或有褶皺，自然界中廣泛存在。
厭氧梭狀芽孢杆菌：常見致病性的梭菌有產氣莢膜梭菌、肉毒梭菌、破傷風梭菌、艱難梭菌等，專性厭氧，多數梭菌的觸酶試驗為陰性。
需氧或兼性厭氧無芽孢杆菌：李斯特氏菌、短杆菌、棒狀杆菌、乳杆菌等，觸酶試驗通常為陽性，李斯特氏菌常存在於食品當中，棒狀杆菌常存在於人體表麵、口鼻腔等。
厭氧無芽孢杆菌：雙歧杆菌等
二、常見革蘭氏陽性球菌
鏈球菌屬：成對或呈鏈狀出現，無動力，大部分菌株有α或β溶血，觸酶試驗陰性，常存在於人和動物的口腔和上呼吸道，常見肺炎鏈球菌、化膿鏈球菌等
葡萄球菌屬：單個，成對，或葡萄狀不規則堆積，無動力，抗逆性較強，耐鹽，觸酶試驗大多數為陽性，常見金黃色葡萄球菌、表皮葡萄球菌，廣泛存在於食品，水，土壤和人體表麵等
微球菌屬：成對、四聯或成簇出現，無動力，嚴格好氧，通常可產黃色或紅色色素，觸酶試驗陽性，通常耐鹽，常見藤黃微球菌、玫瑰色微球菌等，部分菌株耐輻照，廣泛存在於人和動物皮膚表麵，土壤，空氣和食品中。
腸球菌屬：原歸屬於鏈球菌，部分菌株有動力，耐鹽，耐膽汁，觸酶試驗陰性，常見菌株為糞腸球菌、屎腸球菌等，常存在於動物腸道和糞便中
注：專性厭氧的革蘭氏陽性球菌通常很少見，一般見於臨床分離或特殊環境中。
三、常見革蘭氏陰性杆菌
大腸菌群：包括大腸埃希氏菌、陰溝腸杆菌、產氣腸杆菌、肺炎克雷伯氏菌、弗氏檸檬酸杆菌等，通常可發酵乳糖產酸產氣，兼性厭氧，常存在於溫血動物的腸道和受到糞便汙染的環境水源中，一般為非致病菌或條件致病菌，氧化酶陰性
腸道致病菌：常見沙門氏菌、誌賀氏菌、耶爾森氏菌等，通常不能發酵乳糖或遲緩發酵乳糖，常存在於溫血動物腸道、雞蛋、或受糞便汙染的環境和食品中，氧化酶陰性
弧菌：常見霍亂弧菌、副溶血性弧菌、創傷弧菌等，具有嗜鹽性，一般存在於海水或水產品中，氧化酶陽性。
假單胞菌：多數都有動力，直杆或微彎，多數專性需氧，氧化酶試驗陽性，廣泛存在於土壤、水、植物及動物活動環境中，常見銅綠假單胞菌、熒光假單胞菌等
注：革蘭氏陰性杆菌種類較多，一些嗜血杆菌、彎曲杆菌、軍團菌、螺杆菌培養條件苛刻，多分離於臨床，普通的TSB中不生長；革蘭氏陰性球菌比較少見，常見的菌株有臨床中分離的腦膜炎奈瑟氏菌、淋病奈瑟氏菌等。
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