過濾器主要有絕對過濾器和深層過濾器兩類。
絕對過濾器，過濾介質呈膜狀，其濾孔比要除去的顆粒的直徑小。理論上可以100%除去微生物。其空隙的孔徑均一，又可稱為固定孔過濾器。去除顆粒的主要機理是攔截作用，可以通過控製孔的大小來保證除去一定大小範圍的顆粒。因為也有一定的厚度，所以也可通過慣性碰撞、擴散和吸附等作用去除比孔徑小的顆粒。在空氣過濾時作用明顯。絕過濾器的主要缺點是流動阻力會造成巨大的壓力降。若采用帶許多皺褶的濾膜可以增大表積，減小壓力降。
深層過濾器，其空隙的直徑比要除去的顆粒的直徑大。其空隙的孔徑不均一，又稱為非固定孔過濾器。除菌的工作機理是通過慣性碰撞、擴散和吸附等作用，而非攔截。從理論上講。它不可能絕對地去除所有的顆粒。深層過濾介質可分為兩類：一類如棉花纖維、玻璃纖維、合成纖維和顆粒狀活性炭等，它們要填充在一定的容器中定形；另一類製成板或管狀，如石棉板和燒結材料等，除菌效率比前者高。
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