原生質體融合是通過人工方法，使遺傳性狀不同的兩個細胞的原生質體發生融合，並產生重組子的過程，亦可稱為“細胞融合”。原生質體融合技術是繼轉化、轉導和接合等微生物基因重組方式之後，又一個極其重要的基因重組技術，廣泛應用於原核微生物、真核微生物以及動植物和人體細胞的基因重組，大大提高了細胞間基因重組的頻率，可在不同種、屬、科甚至更遠的微生物間進行，擴大了發生基因重組親本的選擇範圍。為利用基因重組技術培育更多、更優良的生產菌種提供了可能。
微生物原生質體融合的主要步驟為：
（1）選擇親株
選擇遺傳性狀穩定且具有優勢互補的兩個親株，可通過誘變劑對原種進行處理獲得可識別的遺傳標記。
（2）製備原生質體
去除細胞壁是製備原生質體的關鍵。一般都采用酶解法去壁。
（3）原生質體融合：
聚乙二醇能有效促進原生質體融合，一般使用濃度範圍在25%~40%。紫外線照射或脈衝電場等物理因素處理也能促進原生質體融合。
（4）原生質體再生：
預先去除再生平板培養基表麵的冷凝水，稀釋塗布原生質體懸液。需注意，殘存菌體、菌齡、再生時的溫度、溶菌酶用量和溶壁時間等因素會影響原生質體再生。
（5）篩選優良性狀的融合子
原生質體融合後，來自兩親代的遺傳物質經過交換並發生重組而形成的子代即融合重組子，可通過兩親株遺傳標記的互補識別篩選重組子。然後對融合重組子進行生理生化測定及生產性能的測定，選出符合育種要求的優良菌株。
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