無機鹽也是微生物生長所不可缺少的營養物質。其主要功能是：①構成細胞的組成成分；②作為酶的組成成分；③維持酶的活性；④調節細胞滲透壓，氫離子濃度和氧化還原申位；⑤作為某些自養菌的能源。
磷、硫、鉀、鈉、鈣、鎂等鹽參與細胞結構組成，並與能量轉移、細胞透性調節功能有關。微生物對它們的需求量較大，是微生物生長必需的，稱為“宏量元素”。鐵、錳、銅、鑽、鋅、等鹽一般是酶的輔助因子，需求量不大，稱為“微量元素”。不同的微生物對上各種元素的需求量各不相同。鐵元素介於宏量元素和微量元素之間。
1. 磷 所有細菌都需要磷，磷是合成核酸、磷脂、一些重要的輔酶及高能磷酸化合物的重要原料。細胞內磷酸鹽也來源於營養物中的磷。
2. 硫 硫是蛋白質中某些氨基酸(如半胱酸和蛋氨)的組成成分，是輔酶因子的組成成分，也是穀胱甘肽的組成成分。硫還是自養菌的能源物質。
3. 鎂 鎂是一些酶的激活劑。是光合細菌菌綠素的組成成分。鎂還起到穩定核糖體、細胞膜和核酸的作用。缺乏鎂，細胞生長就會停止，首當其衝的就是核糖體和細胞膜。微生物可以利用硫酸鎂或其他鎂鹽。
4. 鉀 鉀不參加細胞結構物質的組成，但是，它是細胞中重要的陽離子之一。它是許麽酶(如果激酶)的激活劑，也與原生質的膠體特性和細胞膜的透性有關。鉀在胞內的濃度比胞外高許多倍。各種無機鉀鹽，尤其是磷酸鉀鹽可作為鉀源。
5. 鈣 鈣一般不參與微生物的細胞結構物質(除細菌芽孢外)，也是細胞內重要的陽離子之一，它是某些酶的激活劑，還參與細胞膜通透性的調節。
6. 鈉 鈉也是細胞內的重要陽離子之一，它與細胞的滲透壓調節有關。鈉在細胞內的濃度低，細胞外濃度高。對嗜鹽菌來說，鈉除了維持細胞的滲透壓外，還與營養物的吸收有關，如一些嗜鹽菌吸收葡萄糖需要Na+的幫助。
7. 微量元素 除上述幾種重要的宏量元素外，正常生長的微生物還需要其他一些微量元素，如果缺乏這些元素，將會導致微生物生理活性降低，甚至停止生長。微量元素往往與酶活性有關，或參與酶的組成，或是許多酶的調節因子。
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