食用色素有化學合成色素和天然色素兩大類別。由於化學合成色素的安全性存在隱患，天然色素格外受到人們的重視。雖然大多數天然色素主要是從植物中抽提生產，但由於氣候、產地及運輸等種種原因限製，發展不夠迅速 。而由微生物生產的色素既無氣候和產地的影響，又能隨時隨地大量生產，因而有後來居上之勢。目前用微生物發酵生產色素的研究廣泛開展，不少產品大有希望成功。其中紅曲色素和β-胡蘿卜素都已工業化發酵進行生產。
紅曲色素因色澤鮮紅、著色性好、熱穩定性強、安全性高而被廣泛用於腐乳、蛋糕、魚、肉、飲料和配製酒等的著色。 紅曲色素是由紅曲黴屬菌種發酵生產的細胞外色素。用於生產色素的代表性菌株有紫紅 曲黴、安卡紅曲黴和 巴克紅曲黴等。在生產實踐上，主要通過固體發酵生產紅 曲米，然後再從紅曲米中提取紅曲色素。但近年來也已采用液體深層發酵法生產紅曲色素。
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