與初級代謝產物的生物合成一樣，抗生素的合成也受到酶合成的阻遏和酶活力的抑製等調節和控製。同時抗生素等次級代謝產物又是微生物分化階段的產物，因此凡是調節和控製分化過程的因素都會對抗生素的生物合成產生影響，分化時的一些現象，如孢子形成和氣生菌絲的產生等都會影響抗生素的產量。
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