在細菌、黴菌和植物中次級代謝產物的生物合成常常受到磷酸鹽的控製。實際上，在高濃度磷酸鹽的培養條件下所有次級代謝產物都將受到抑製，但是對磷酸鹽抑製的敏感性卻存在很大的差別。不同的產物之間、甚至同一細胞產生的不同次級代謝產物也會有不同的表現。S.clavuligerus發酵生產棒酸或頭黴素就是一個典型例子，棒酸的合成受到磷酸鹽的抑製，而頭黴素的生產則基本上不受影響。因此隻要調節磷酸鹽的濃度進行培養就可以得到不同的產物。一般而言，如果抗生素的生物合成直接由氨基酸裝配而成，它們對磷酸鹽濃度的敏感性就比較小，如聚酮類和氨基糖苷類抗生素就是如此。
磷酸鹽控製的機理一般是通過對酶合成的阻遏影響抗生素的生物合成，主要受阻遏的酶類是磷酸酶和合成酶。
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