外源DNA分子還可以通過電穿孔法轉人受體細胞。所謂電穿孔法（electroporation），就是把宿主細胞置於一個外加電場中，通過電場脈衝在細胞壁上打孔， DNA分子就能夠穿過孔進入細胞。通過調節電場強度、電脈衝頻率和用於轉化的DNA濃度，可將外源DNA分別導入細菌或真核細胞。電穿孔法的基本原理是：
在適當的外加脈衝電場作用下，細胞膜（其基本組成為磷脂）由於電位差太大而呈現不穩定狀態，從而產生孔隙使高分子（如DNA片段）和低分子物質得以進入細胞質內，但還不至於使細胞受到致命傷害。切斷外加電場後，被擊穿的膜孔可自行複原。電壓太低時DNA不能進入細胞膜，電壓太高時細胞將產生不可逆損傷，因此電壓應控製在300～600V範圍內，維持時間約為20～100ms，溫度以0℃為宜。較低的溫度使穿孔修複遲緩，有利於增加 DNA進人細胞的機會。
用電穿孔法實現基因導人比CaCl2轉化法方便、轉化率高，尤其適用於酵母菌和黴菌。該法需要專門的電穿孔儀。
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