在廢棄物的好氧生物降解係統中，起主要作用的是細菌、真菌、藻類和原生動物，還可能存在一些後生動物。影響微生物群組成的主要因素是廢棄物的種類和處理條件，例如，處理城市汙水和化工廠汙水的微生物群會有顯著的差別；廢棄物處理的環境條件，如：溫度、pH等也會對微生物的種類和分布產生影響。另外，反應器形式對微生物群的構成也有影響，如用普通的曝氣池和形成生物膜的反應器處理同樣的廢水，由於氧傳遞的差別會形成不同的微生物群。
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