白腐菌所產生的能夠降解木質素的酶係有一個顯著特點，這就是它們對底物的非特異性。它們能夠將結構和性質存在很大差異的化合物降解，如：多環芳烴（如苯並芘、蒽等）、含氯芳香化合物（如五氯苯酚、4-氯苯胺、2,4,5-三氯苯氧乙酸及二𫫇烷）、殺蟲劑（如 DDT、六六六及氯丹等）、染料（如結晶紫、酸性黃9、天青B及雷瑪唑亮蘭等）、炸藥（如TNT、RDX及HMX等）和其他化合物如氰化物、疊氮化合物、甚至四氯化碳等。上述類型的有機化合物在一般的廢水生化處理過程中是很難被降解的，濃度較高時還會引起活性汙泥中微生物群的死亡。正是由於白腐菌非特異性的廣譜降解性能，近年來對白腐菌在環境工程中的應用引起了廣泛的興趣，對降解機理和動力學的研究正在逐漸深入。一般認為隻要有機汙染物中至少有一個廣域π分子軌道係統，就能產生一個正電子自由基，這種π分子軌道係統允許正離子/自由基離域，從而降低了自由能，維持了中間體的穩定。這類化合物都能夠被白腐菌所產的酶係降解。根據這一原理，白腐菌不能降解脂肪族醚類化合物，如甲基叔丁基醚等。
白腐菌降解這些有機化合物時既可以直接用菌絲進行，也可以應用提取的酶。同樣，如果應用提取的過氧化物酶，係統中必須保持一定濃度的過氧化氫，而漆酶則不需要。
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