至於其他具有臨床應用價值的次級代謝產物篩選，必須根據篩選的目標確定篩選的方法和程序。近年來，在篩選引起代謝紊亂的酶抑製劑、各種不同類型的配體和受體及細胞和細胞相互關係的調節劑等方麵的研究進展很快，每年都有幾十種新藥麵市，在心血管疾病、糖尿病及某些癌症的治療中正在起著越來越大的作用。典型的有：免疫調節劑佳製黴素Bestatin、免疫阻遏劑FK506、引起炎症的彈性蛋白酶抑製劑Elasinin和 Elastinal、胰澱粉酶和蔗糖酶的抑製劑低聚糖Acarbose、膽固醇生物合成抑製劑密實菌素 Compactin和Mevinolin。最近的新趨勢是篩選能幹擾控製細胞分裂的酶，如抑製酪氨酸激酶和蛋白激酶C的生物活性物質及激素的拮抗物，這些藥物對於控製惡性腫瘤的發展和代謝紊亂型疾病的治療有著良好的應用前景。
在早期的抗生素篩選工作中，一般不考慮抗原生動物的活性。以後，抗原生動物的抗生素引起了人們的重視，采用了以能夠降低試驗原生動物的運動性作為判斷標準進行篩選的方法；抗昆蟲活性的抗生素也可以用類似的方法篩選得到。近年來提出了采用生化試驗方法進行篩選的新方法，篩選的原理是基於昆蟲的幾丁質含量很高，可以根據抗生素對幾丁合成酶和幾丁酶的抑製能力進行篩選。抗蟲抗生素篩選的一個成功例子是Merck公司生產的阿福黴素Avermectin，該抗生素首先由日本的Kitasato研究所分離得到，但由於它沒有抗菌活性而得不到重視。Merck公司的專家根據對受蠕蟲感染鼠的體內試驗，證實了它的抗寄生蟲功能。作為除草劑的抗生素可以根據其對穀氨酰胺合成酶的抑製作用進行篩選，例如若某種發酵液能使B.subtilis在最低培養基中的生長受到抑製，而當加入穀氨酰胺後抑製消失，就可以判斷該發酵液中可能含有具有除草功能的化合物，除草劑Bialaphos就是用這種方法篩選得到的。另外還可以根據是否能抑製纖維素生物合成進行篩選，例如若能對細胞壁中含纖維素的黴菌Phytophthora parasitica 有抑製功能，就有希望篩選到具有除草功能的次級代謝產物。
總之，隨著篩選技術的發展，新抗生素的篩選速度已經大大提高。由於生物化學的研究進展及人類基因組計劃的接近完成，人們對疾病起因的認識已經提高到酶水平和基因水平，因此能夠發現更科學的篩選基準，從而提高篩選的效率和抗生素類藥物的治療效果。可以預料，許多新的抗生素和次級代謝產物將被篩選出來，而且它們將具有更強的對症治療功能、更低的副作用。
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