FAO/WHO聯合組織的食品中獸藥殘留立法委員會把獸藥殘留定義為：獸藥殘留是指動物產品的任何可食部分所含獸藥的母體化合物及/或其代謝物，以及與獸藥有關的雜質的殘留。所以獸藥殘留既包括原藥，也包括藥物在動物體內的代謝產物。另外，藥物或者其他代謝產物與內源大分子共價結合產物稱為結合殘留。動物組織中存在共價結合物（結合殘留）則表明藥物對靶動物具有潛在毒性作用。主要殘留獸藥有抗生素類、磺胺類、呋喃藥類、抗球蟲藥、激素藥類和驅蟲藥類。磺胺類殘留主要是磺胺嘧啶、磺胺甲基嘧啶、磺胺二甲基嘧啶，激素類藥物殘留主要是己烯雌酚、己烷雌酚，雙烯雌酚和雌二酚。
在現代農業中，動物藥品的應用非常普遍。隨著公眾對其食品供應的安全性了解的越多，越來越關注，對藥物殘留的檢測一直被作為一個重要的管理問題。
飼料安全即食品安全，這已在全世界達成共識，同時也是全球推行的HACCP計劃的精髓所在。飼料及其產品中不應該含有對動物、任何環境有毒有害的物質，或其含量在允許的範圍內。確保飼料安全在我國還有以下特殊意義：確保飼料安全是綠色奧運的需要。目前飼料中一些違禁藥品如演算克倫特羅等興奮劑也是運動員的禁用藥品，被列為運動尿檢項目。我國某遊泳運動員曾因食用豬肝尿檢陽性而被禁賽。為防止此類事件的發生，必須保證飼料安全。
動物性食品中的藥物殘留對人類健康的影響是一個眾說紛紜的問題，雖然人體接觸殘留藥物的利害關係仍在爭議之中，一種普遍可接受的觀點是在食品中由於藥物本身的幅反應或耐藥性細菌種群的增長，將增加潛在的問題。例如，已經證實的由牛奶中低劑量的β內酰胺引起的過敏反應病例。也曾報道過對牛肉中的氨基糖苷類物質的敏感性問題。氯黴素可能是一種潛在的致命疾病。雖然尚未有報道由於攝入了食品中的氯黴素殘留物而引發這種疾病的兵力，但在理論上有發生的可能性。另一個重要和迫切需要關注的問題是人類正麵臨著對抗生素產生耐藥性細菌種群的威脅。給動物喂飼低劑量（預防性）的抗生素有可能促使細菌演化到對這些藥物或者其他藥物產生抗藥性。而人們在製備或消費食品時就可能接觸到這些耐藥性細菌。已經能夠證實，人類已發生有動物性食品引起的抗藥性沙門氏菌病。
此外，近幾年來，抗生素在蜜蜂中使用逐漸增多，因為在冬季蜜蜂常發生細菌性疾病，一定量的抗生素可治療細菌性疾病。由於大量的使用抗生素治療，致使蜂蜜中殘留有抗生素，主要的抗生素殘留有四環素、土黴素、金黴素等。
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