堆肥處理是利用自然界廣泛存在的微生物，在人為控製的條件下，使廢物中的有機物經過生物化學反應降解轉化為有一定肥效的腐殖質或土壤改良劑。堆肥處理可分為好氧堆肥和厭氧堆肥兩種。
（2）好氧堆肥法
好氧堆肥法是在有氧條件下，通過好氧微生物的作用，使有機廢棄物達到穩定化，並轉變為有利於土壤性狀改良、作物容易吸收的有機物的方法。穩定化是指病原性生物的失活、有機物的分解和腐殖質的生成。
堆肥堆製後，其中的微生物開始生長繁殖，釋放熱量，促進堆肥內部溫度上升，短時間內可達到60—70°甚至80°，然後逐漸降溫並達到腐熟。在這過程中，堆肥中的無機物、有機物發生複雜的分解和合成的變化，微生物的種群組成也隨之發生相應的變化。好氧堆肥大體上可分成3個階段。
①發熱階段堆肥堆製初期，主要由中溫好氧的細菌利用堆肥中最容易分解的有機物，如澱粉、糖類等，迅速生長繁殖，釋放能量，使堆肥內溫度不斷升高。
②高溫階段堆肥溫度上升到50°以上，進入了高溫階段。經過一段時間，溫度可達60—70°，甚至80°。溫度上升、氧氣消耗和易分解的物質減少，嗜熱的纖維素分解菌逐漸代替中溫微生物的活動。這時堆肥中除殘留的或新形成的可溶性有機物繼續被分解外，一些複雜的有機物如纖維素、半纖維素等也開始迅速分解。
由於各種嗜熱微生物的最適生長溫度不完全相同，隨著堆肥內溫度的變化，堆肥內的嗜熱微生物種類和數量也相應發生變化。一般情況下，在50°左右，主要是嗜熱性真菌和放線菌，如嗜熱真菌屬和褐色嗜熱放線菌等。60°左右，真菌幾乎完全停止活動，僅有嗜熱性放線菌和細菌在繼續活動，慢慢分解著有機物。70°以上，大多數嗜熱性微生物相繼死亡或進入休眠狀態。
高溫對於堆肥的快速腐熟起到重要作用。在此階段，堆肥內開始了腐殖質的形成，同時不斷地殺滅病原性生物，堆肥物料逐漸進入穩定狀態。
③降溫和腐熟保肥階段：當溫度持續一段時間以後，容易分解的有機物已大部分分解，剩下的是較難分解的有機物，如木質素等和新形成的腐殖質。這時，微生物活動減弱，產熱量減少，溫度下降，中溫性微生物又逐漸成為優勢菌群，殘餘物質進一步分解，腐殖質不斷增多，堆肥進入腐熟階段。
（2）厭氧堆肥法
厭氧堆肥法是在不通氣的條件下，將有機廢棄物堆積，進行厭氧發酵，使其達到無害化處理，製成有機肥料。堆肥方式與好氧堆肥法相同，但堆內不設通氣係統。厭氧堆肥堆溫低，因此腐熟和無害化時間長，但堆法簡便，節省工時。
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