1、多氯聯苯的降解
多氯聯苯（PCB）是人工合成的有機氯化物，它以聯苯為原料，在金屬催化劑作用下，高溫氯化而生成。PCB耐酸、耐堿、耐腐蝕，具有良好的化學穩定性，工業上用途很廣。但PCB有毒，對皮膚、肝、神經、骨骼等都有不良影響，而且是一種潛在的致癌因子，在環境中極難分解。因此美國環境保護局把PCB定為環境汙染元凶。
目前已有證據證明，某些微生物能夠降解PCB。據報道，從汙泥中分離到的產堿杆菌屬和不動杆菌屬中的某些種類能“吃”PCB。它們能分泌一種特殊的酶，能將PCB轉化為聯苯或對氯聯苯，然後吸收這些分解產物，排出苯甲酸或取代苯甲酸，再由環境中其他微生物進一步降解。也有人發現，紅酵母也能降解多氯聯苯。人們進一步研究發現，共代謝作用、降解性質粒和微生物之間的互生關係，能促使多氯聯苯降解礦化。
2、二唖英的降解
二口惡英是多氯二苯並二口惡英和多氯二苯並呋喃兩類化合物的總稱。它是一種幹擾人類 內分泌係統的類雌激素，對人類健康構成嚴重威脅。它在自然狀態下很難降解。
已有報道利用微生物處理二口惡英的研究。有人發現，鞘氨醇單胞菌能降解一氯代和二氯代二口惡英，但不能降解多氯代二口惡英。更有人發現真菌中的黃孢原毛平革菌和另一種原毛平革菌能降解二口惡英。又有人用黃孢原毛平革菌和腐皮鐮孢菌對二口惡英做了降解試驗， 發現其分解效果比單用黃孢原毛平革菌提高10—50倍。由此可見，從自然界中分離選育降解二口惡英的菌種，也有著廣闊的前景。
3、表麵活性劑的降解
表麵活性劑是一類在低濃度 時能顯著降低液體表麵張力的化學物質，它們能促進乳化，故廣泛用於清潔劑、乳化劑和濕潤劑中。但高濃度的表麵活性劑對軟體動物、甲殼動物、藻類和魚類有毒。其中的丙烯四聚物型烷基苯磺酸鹽在自然狀態下很難分解。
不少微生物可以進行表麵活性劑的降解，能從汙水和土壤中分離到以表麵活性劑為唯一碳源和能源的微生物，如假單胞菌屬、鄰單胞菌屬、黃單胞菌屬、產堿杆菌屬、微球菌屬和諾卡 氏菌屬等。固氮菌屬除拜氏固氮菌外，都是分解表麵活性劑的積極行動者。
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