利用微生物和其他生物，將土壤、水體中的危險性汙染物在現場降解為CO2和H2或轉化為無害物質的工程技術係統稱為生物修複。它是傳統生物處理方法的延伸，其最大特點是可以對大麵積的汙染環境，如石油汙染和農田農藥汙染等進行治理。在生物修複中，目前使用最廣、效果最佳的是微生物修複。微生物修複不僅能有效降低環境中的有機汙染物，而且能消除環境中的無機汙染物。
在微生物修複過程中，應充分考慮微生物活性、汙染物特性和環境狀況對環境修複的影響。
1、汙染物特性
在微生物修複過程中，要了解汙染物的特性，測定汙染的程度和生物可利用性，以判斷能否采用和如何采用微生物修複技術。在能采用微生物修複的環境中，添加一些表麵活性劑可以增加汙染物與微生物細胞接觸的機會，因而會顯著提高一些汙染物的生物降解速率。
2、環境狀況
在汙染環境現場，要了解微生物營養基質、電子受體、pH、溫度和共代謝底物等。盡量改善適合微生物生長繁殖的條件，有利於微生物修複的成功。
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