微生物活性的強弱和微生物數量的多少是影響微生物修複的一個重要因素。用於微生物修複的微生物可分為3類：土著微生物、外來微生物和基因工程菌。
（1）土著微生物
生活在土壤環境中的微生物稱為土著微生物。
目前大多數微生物修複工程中應用的微生物都是土著微生物。這是因為一方麵土壤中本身就存在著種類繁多、數量巨大的微生物，因此降解汙染物的潛力巨大；另一方麵也是受到接種的外來微生物在環境中難以保持較高的活性以及基因工程菌應用受到嚴格限製的影響。
（2）外來微生物
土著微生物生長較慢，活性不強，針對性差。如果能針對性地接種一些降解汙染物的高效菌，則處理效果更好。實踐證明，確實如此。接種外來微生物時，會受到土著微生物的競爭，因此接種量要大，迅速使其成為優勢種群，從而加快汙染物的分解速率。
（3）基因工程菌
采用基因工程技術，將可以降解不同汙染物的不同基因轉入到同一微生物中，同時降解多種汙染物。這項工作引起人們極大的興趣。從理論上講，接入基因工程菌，可能要比簡單接種特定微生物的效果好得多。但它同樣要遇到與土著微生物激烈競爭的矛盾，同時還要特別考慮到基因工程菌的安全性問題，因此要認真對待。
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