大多數金屬硫化礦如黃銅礦、輝銅礦、黃鐵礦、黝銅礦、閃鋅礦和某些金屬氧化礦如鈾礦、氧化錳礦難溶於稀硫酸等一般工業浸出劑。但人們可利用某些特殊微生物，在合適條件下將上述礦物中的金屬用稀硫酸浸出。
用於生物浸出的微生物種類繁多，但主要可分為兩大類：化能無機自養型和化能有機異養型。化能無機自養型細菌主要用於有色金屬硫化物的氧化浸出，化能有機異養型中的真菌、藻類等主要用於從矽酸鹽和碳酸鹽礦物中提取金屬，如浸金。
已研究過用於生物浸出的微生物有20多種，分布於硫杆菌屬、鉤端螺菌屬、硫化杆菌屬、硫化葉菌屬、酸菌屬、生金球菌屬和硫球菌屬等。其中比較重要的有以下幾種：
1、硫杆菌屬
硫杆菌屬中最為重要的3個種為氧化亞鐵硫杆菌、氧化硫硫杆菌和排硫硫杆菌。
（1）氧化亞鐵硫杆菌
該菌是最常用的一種浸礦工程菌，革蘭氏陰性、化能無機自養細菌。靠氧化二價鐵離子和還原態硫獲得能源。它棲居於含硫溫泉、硫和硫化礦礦床、煤、含金礦礦床及硫化礦礦床氧化帶中，能在上述礦的酸性礦坑水中存活。菌體呈短杆狀，細胞大小為直徑0.3—0.5um，長 1.0—1.7um，在pH1.0—6.0範圍內生長良好，最適生長pH範圍為2.0—3.0，在2—40°下都能存活，但最適生長溫度為28—35°。它可以氧化幾乎所有已知的硫化礦物（辰砂礦和輝鉍礦除外）、元素硫、其他還原性硫化合物及二價鐵。它氧化二價鐵的速率比在同樣條件下空氣中的氧的純化學氧化速率快200000倍，氧化黃鐵礦速率增加1000倍，氧化其他硫化物的速率可增加數十到數百倍。
（2）氧化硫硫杆菌
該菌常棲居於硫和硫化礦礦床，菌體呈圓頭短杆狀，常以單個、雙個或短鏈狀存在，細胞大小為寬0.5um，長1.0um，最適生長pH範圍為2.0—2.5，最適生長溫度為28—30°。可以氧化元素硫和硫的一係列還原性化合物，不能氧化硫化物礦物。在菌體兩端各有一油滴，可將培養基中的硫溶人油滴之中再吸人體內進行氧化，可產生較多的酸，並有較強的耐酸性能。研究還發現該菌能耐80—110V電壓，抗電流密度4A/dm3。
（3）排硫硫杆菌
它是硫杆菌中較常見的一種，在液體硫代硫酸鹽培養基上能生成小而圓的菌落。由於生成硫沉澱，菌落呈黃色。該菌通常隻存活一星期左右，可將硫代硫酸鹽氧化成元素硫，又將元素硫氧化成硫酸。
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