利用有代謝活性細胞的工藝回收處理稀溶液中的金屬離子可在活性汙泥法中實現，然而這種工藝需解決兩個問題：一是廢水的化學組成不斷變化，如何維持細胞的吸附活性；二是如何將已吸附金屬的活細胞從淨化液中分離出來。當廢水中含有某些有毒組分時常會影響活細胞工藝的有效性。為維持最佳的微生物生長和活性，還需向廢水中加入營養基質。非活性的休止細胞或致死細胞表麵同樣具有對金屬離子有親和力的負電基團，且死菌還易於固定化和吸附後的分離，避免了影響活細胞工藝的各種問題。正由於此，利用非代謝活性細胞的工藝商業化程度更高。
用微生物法提取溶液中的金屬，最重要的問題是如何分離和回收吸附了金屬的微生物。美國礦務局研究人員以某種多孔聚碸為基體，將微生物或泥炭蘚摻於其中，形成名為BIOFIX的多孔吸附劑，把這種多孔小珠裝在柱內形成固定床，溶液流經床層或在一些簡單的設備中進行吸附。美國AMT公司開發的有機膠粒是用枯草芽孢杆菌經化學腐蝕製得的。腐蝕劑將微生物菌體轉化為固定化顆粒，並使其金屬吸附能力提高。利用這種膠粒可直接從溶液中富集金屬，無需耗資又麻煩的化學預處理，且可以反複再生利用。用泡沫浮選法回收富集了重金屬的微生物，是稀溶液重金屬回收過程中一種較有潛力的方法。盡管微生物冶金技術可以從尾礦、貧礦、廢礦、廢水中回收某些金屬，生產成本也大大低於傳統冶煉法，並可使汙染減少甚至無汙染，但也存在反應速率慢、生產周期長的問題，這些問題有待於今後進一步改進和提高。
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