許多微生物具有殺蟲作用。已經報道的殺蟲微生物有1700多種，包括細菌、病毒、立克次氏體和原生動物等。
目前用於殺蟲的細菌主要是芽孢杆菌屬中的一些種，如蘇雲金芽孢杆菌、球形芽孢杆菌和金龜子芽孢杆菌等。
（1）蘇雲金芽孢杆菌
蘇雲金芽孢杆菌是 目前唯一大規模工業化生產的微生物殺蟲劑，也是世界上用途最廣、產量最大的微生物殺蟲劑。它對近600種昆蟲和有害生物有活性，對100多種農林害蟲及蚊蠅有很好殺滅效果。蘇雲金芽孢杆菌是一種好氧產芽孢的杆狀細菌。它在形成芽孢的同時，在另一端形成伴孢晶體。伴孢晶體是一種蛋白質，在堿性條件下分解成有毒物質，和芽孢共同作用，產生很強的殺蟲效果。它還能分泌β—外毒素、δ—內毒素、卵磷脂酶、殼多糖酶，對昆蟲都有毒性。
蘇雲金芽孢杆菌殺蟲劑可用液體深層或固體發酵獲得不同規格的產品。
（2）球形芽孢杆菌
球形芽孢杆菌殺蟲劑在滅蚊幼蟲中發揮作用。它的主要活性成分是伴孢晶體中的毒素蛋 白。毒素蛋白由兩種蛋白組成，它們共同參與才能起作用，因此為二元毒素。
（3）金龜子芽孢杆菌（即日本甲蟲芽孢杆菌）
金龜子芽孢杆菌是一種金龜子幼蟲（蠐螬）專性病原菌。金龜子芽孢杆菌感染蠐螬後，在中腸內萌發成營養體，穿過腸壁進入體腔，迅速繁殖，破壞各種組織，導致幼蟲大量死亡。
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