微生物飼料包括青貯飼料、糖化發酵飼料、單細胞蛋白和氨基酸添加劑飼料等。
（一）青貯飼料
把收割的鮮牧草或農作物的莖和葉等進行適當破碎後，放入並密封於青窖內，利用附著在青飼料上的多種微生物，在厭氧條件下進行發酵，產生乳酸等有機酸和醇類，殺滅有害雜菌，增加飼料營養。這種經過貯存的營養豐富的、易消化、多汁味、耐藏的飼料稱為青貯飼料。
（二）糖化發酵飼料
糖化發酵飼料是以秸稈粉為主要原料，接種產生纖維素酶、木質素酶活性高的微生物，經過發酵，使營養成分增加，口感較好的飼料。接種的微生物主要是曲黴屬、根黴屬、毛黴屬以及擔子菌中的一些糖化酶活性較高的菌種，還有乳酸菌、酵母菌等。它們能水解澱粉、纖維素，產生糖類、有機酸和醇類，增加營養，改善口味，提高飼料的利用價值。
（三）單細胞蛋白飼料
單細胞蛋白營養豐富，含有多種氨基酸和維生素，是飼料中蛋白質的主要來源。許多原料可以用來生產單細胞蛋白，如食品加工廠的廢液、廢渣，農副產品的廢棄物、禽畜糞便和生活垃圾等。用作生產菌種的微生物主要是不同類型的酵母菌、光合細菌等。
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