一般地講，自然界中的“種”應是有限的，但菌株卻是無限的。
菌株的表示方法是：常在種名後麵寫上編號、字母、地址或其他符號等，如生產澱粉酶的枯草杆菌BF7658，生產蛋白酶的棲土曲黴3.942等。在微生物研究工作中，有時雖然是相同的種，但是由於所用的菌株不同，其結果往往不完全一樣。因此，我們在總結科研、生產的成果或撰寫論文時，保藏或索取菌種時，通常不但要寫出種名，而且要注明菌株號碼。
另外，在微生物學研究中，還常常碰到“類群”這個名詞。類群通常指屬以下幾個比較近似的種的集合。具體做法是選一些特征最為明顯的典型菌株，再把和它近似的菌株放在一起歸為一個類群，例如抗生素的主要產生菌———鏈黴菌屬，為了篩選新種的方便，把該屬中的近似的種，歸納為14個類群。又如，曲黴屬內，根據屬內近似的種，歸納為18個類群。有的時候，類群可用來表示兩種微生物和介於這兩種微生物之間的中間類型，例如大腸杆菌菌群就包括大腸埃希氏菌、產氣杆菌以及介於它們之間的中間類型。
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