同一種微生物在不同的國家或地區常有不同的名稱，這就是俗名。俗名在局部地區可以使用，但不便於交流，容易引起混亂。為在世界範圍內便於交流和開展工作，要求給每一種微生物取上一個為大家所公認的科學名稱，這就是學名。
微生物的命名同樣采用生物學中一貫沿用的林奈的“雙名法 ”。這種國際命名法的一般規則如下：
①每一種具有顯著區分的微生物，稱之為“種”。
②每一個種給一個名字，其學名通常是用 , 個拉丁詞組成。
③學名的第一個詞是屬名，屬名的第一個字母要大寫。屬名是拉丁詞或希臘詞或拉丁化了的其他文字所構成。它是一個名詞，用以表示該屬的主要特征。
屬名有時可用人名或地名來表示，如 0(!&$+&1$..( 2$!&3#!（鼠疫 巴斯德 氏菌 ）、誌賀 氏杆菌屬。
屬名在上下文重複出現的情況下，可以縮寫表示。
④學名的第二個詞為種名。種名是拉丁語中的形容詞，表示微生物的次要特征，如金黃色葡萄球菌中的AUREES是形容詞，意思是“金黃色的”。
⑤種名也有用人名或地名來表示的，如巴氏芽孢杆菌，保加利亞乳杆菌。
種名首字母不大寫。
學名在印刷時，要用斜體字表示，或者在正排字下麵加一條橫線表示。
值得注意的是，在屬以上的名稱，如 門、綱、目、科等，其名稱第一個字母要大寫，但不印成斜體字。
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