近年來，關於放線菌的分類歸屬問題存在分歧。過去人們一般認為國外比較有代表性的放線菌分類係統有兩個：一個是前蘇聯的克拉西裏尼科夫1965年提出的分類係統，一個是美國的瓦克斯曼1961年提出的分類係統。在國內，中國科學院微生物研究所的有關分類專家，吸收了瓦氏和克氏兩個分類係統的優點，結合自己的研究工作，提出了“放線菌分科分屬檢索表 ”。其具體內容在中國科學院微生物研究所放線菌分類組編寫的《鏈黴菌鑒定手冊》一書中。
由於細胞生物學研究的深入和16SrRNA在生物進化係統發育研究中的應用，人們越來越清楚地認識到，放線菌和細菌同屬原核生物。更有人認為，放線菌就是細菌的一部分。因此將放線菌的分類研究納入細菌分類係統中，如在已經出版的《伯傑 氏係統細菌學手冊》第1版第4卷中和即將出版的第2版第4卷中都記載 了有關放線菌分類的內容。
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