獲得純化的微生物分離菌株後，首先需判定是原核微生物還是真核微生物。實際上在分離過程中所使用的方法和選擇性培養基已經決定了分離菌株的大類的歸屬，從平板菌落的特征和液體培養的性狀都可加以判定。然後，如是原核微生物，便可根據表所示的經典分類鑒定指標進行鑒定，如條件允許，可做碳源利用的BIOLOG-GN分析和16SrRNA序列分析。多項結果結合起來可確定分離菌株的屬和種。
表 微生物經典分類鑒定方法的指標依據
個體：細胞形態、大小、排列方式，染色反應，有無運動，各種特殊構造特征等
形態特征：菌落形態。在固體、半固體或液體培養基中的生長狀態等
營養要求：碳源、氮源、礦質元素、生長因子等
經 生理生化特征：代謝產物種類、產量、顯色反應等
典
分 酶：產酶種類和反應特征等
類
法 生態學特性：生長溫度，對氧的需要，酸堿度要求，宿主種類，生態分布等
血清學反應
噬菌體的敏感性
其他
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