一、裸藻屬
裸藻屬：植物體為單細胞，呈紡錘形至針形，多數種類表質柔軟，可變形。有1條鞭毛，有1紅色眼點。多數種類具色素體，1個至多個，呈盤狀、片狀、帶狀或星狀，顏色多為綠色，有或無蛋白核。極少數種類五色素體；有些種類具裸藻紅素（不是光合色素），可使細胞呈紅色。
多生活在淺小而有機質豐富的水體，如池塘、魚塘、溝渠等。某些種類可形成綠色、黃褐色或棕紅色水華。
二、扁裸藻屬
扁裸藻屬：植物體為單細胞，正麵觀一般為圓形、卵形或橢圓形，有1根鞭毛。細胞扁平呈葉片狀，少數有些扭曲，後端多呈尾狀。
表質硬，不能變形。表質具縱向或螺旋狀形排列的線紋、肋紋或顆粒。色素體多數，呈圓盤形，無蛋白核。具一個明顯的眼點。
在淺小水體分布廣泛，許多種類喜有機質豐富水質。
三、囊裸藻屬
囊裸藻屬植物體為單細胞，有1根鞭毛，具有囊殼。囊殼形狀多樣，有球形、卵形、橢圓形或紡錘形，表麵光華或有點、瘤、刺、花紋等，顏色為褐色、黃色、橙色或無色。囊殼前端有孔，鞭毛由此伸出。
在溫暖的靜止小型淡水水體和沼澤中常見，某些種類大量繁殖可形成水華。
四、袋鞭藻屬
袋鞭藻屬細胞表質柔軟，形態易變，一般圓柱形或紡錘形。表皮具線紋。藻體無色，五色素體。有2根鞭毛，長的一根直向前方，較粗，為遊泳鞭毛；短的一根向後彎轉，不易見到，為拖曳鞭毛。核明顯易見，無眼點。
五、變胞藻屬
變胞藻屬又稱素裸藻屬，藻體與裸藻相似，主要區別在於無色素體和色素，無眼點。
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