菌落總數是食品中重要的安全衛生指標，表示食品受細菌汙染的程度。
1、膨化食品的落菌總數標準
依據國家強製性標準GB17401-2003《膨化食品衛生標準》規定，膨化食品的菌落總數應為≤10000cfu/g、大腸菌群應為≤90MPN/100g，超過國家標準規定可判斷為不合格膨化食品。
2、固體飲料的落菌總數標準
依據國家強製性標準GB7101-2003《固體飲料衛生標準》規定，固體飲料產品的菌落總數應≤1000cfu/g；大腸菌群應≤90MPN/100g；黴菌應≤50cfu/g，超過國家標準規定可判斷為不合格固體飲料。
3、糕點、麵包、月餅的落菌總數標準
依據國家強製性標準GB7099-2003《糕點、麵包衛生標準》規定，月餅產品中菌落總數不得超過1500cfu/g，大腸菌群不得超過30MPN/100g，黴菌計數不得超過100cfu/g；蛋糕生產的標準要求：菌落總數≤10000cfu/g，大腸菌群≤300MPN/100g，黴菌≤150cfu/g，超過國家標準規定可判斷為不合格糕點類產品。
4、食醋的落菌總數標準
依據國家強製性標準GB2719-2003《食醋衛生標準》規定，食醋中菌落總數不得超過10000cfu/mL，超過國家標準規定可判斷為不合格食醋。
5、冷凍飲品的落菌總數標準
依據國家強製性標準GB2759.1-2003《冷凍飲品衛生標準》規定，含澱粉或果類的冷凍飲品菌落總數應≤3000cfu/g,大腸菌群應≤100MPN/100g；含乳蛋的冷凍飲品的菌落總數應≤25000cfu/g,大腸菌群應≤450MPN/100g，超過國家標準規定可判斷為不合格雪糕或冷飲。
6、餅幹的落菌總數標準
依據國家強製性標準GB7100-2003《餅幹衛生標準》規定，非夾心餅幹的菌落總數不得超過750cfu/g，夾心餅幹菌落總數不得超過2000cfu/g；餅幹產品的黴菌計數不得超過50cfu/g，超過國家標準規定可判斷為不合格餅幹。
7、巴氏殺菌、滅菌乳的落菌總數標準
依據國家強製性標準GB19645-2005《巴氏殺菌、滅菌乳衛生標準》規定，滅菌乳菌落總數不得超過10cfu/g，大腸菌群不得超過3MPN/100g，超過國家標準規定可判斷為不合格乳製品。
8、蜜餞的落菌總數標準
依據國家強製性標準GB14884-2003《蜜餞衛生標準》規定，蜜餞食品中菌落總數不得超過1000cfu/g；黴菌不得超過50cfu/g，超過國家標準規定可判斷為不合格乳蜜餞產品。
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