（一）致病物質
致病物質主要是莢膜、菌毛和 內毒素。
1、莢膜具有抗吞噬和保護菌體免受體液中殺菌物質的損傷作用，有利於細菌在體內存活和繁殖，增強細菌的侵襲力。
2、菌毛鼻咽部黏膜上皮細胞表麵具有大量的腦膜炎奈瑟菌菌毛特異性受體，當菌毛與特異性受體結合後可介導菌體黏附於呼吸道黏膜上皮細胞表麵，有利於細菌的黏附、侵入、定居、繁殖，並損傷黏膜上皮細胞。
3、內毒素是腦膜炎奈瑟菌最重要的致病物質。可引起高熱和白細胞升高，作用於小血管和毛細血管，引起血栓、出血，表現為皮膚出血性皮疹或瘀斑 以及微循環障礙。嚴重敗血症時，可引起休克和彌散性血管內凝血，預後不良。
（二）所致疾病
腦膜炎奈瑟菌是流腦的病原菌，人類是其惟一易感宿主。傳染源是病人和帶菌者。約有5%—10%正常人鼻咽部帶有本菌，流行期可高達70%以上，是重要的傳染源。目前我國流行的血清群，95%以上是A群。近年亦有B群病例，多為散發，且病情重死亡率高。此外，尚有少數C群菌株被發現。
病菌經飛沫傳染，也可通過接觸病人呼吸道分泌物汙染的物品而感染，潛伏期2—3d，長者可達10d。細菌由鼻咽部侵入，依靠菌毛的作用黏附於鼻咽部黏膜上皮細胞表麵，並在局部繁殖。多數人感染後表現為帶菌狀態或隱性感染，隻有少數人發展成腦膜炎。流腦病人隨病菌毒力、數量和機體免疫力不同，流腦病情輕重不一。臨床上有3種類型：即普通型、暴發型和慢性敗血症型。
普通型占90%左右，先有上呼吸道炎症，繼而大量繁殖的病菌從鼻咽部黏膜進入血流，引起菌血症或敗血症。病人出現惡寒、發熱、惡心、嘔吐和出血性皮疹。細菌到達中樞神經係統主要侵犯腦脊髓膜，引起化膿性炎症，此時病人可有劇烈頭痛、噴射性嘔吐、頸項強直等腦膜刺激症狀。暴發型見於少數病人，表現為血中細菌大量繁殖，並釋放大量內毒素，引起內毒素休克及DIC。患者病情凶險，若不及時搶救，常於24h內危及生命。慢性敗血症型不多見，以成人患者為主，病程可遷延數日。普通型和暴發型以兒童罹患為主。
（三）免疫性
機體對腦膜炎奈瑟菌的免疫力以體液免疫為主。顯性感染、隱性感染或疫苗接種2周後，血清中群特異性lgG、lgA和lgM抗體水平明顯升高。在呼吸道，局部分泌型可阻止腦膜炎奈瑟菌的侵襲，血中抗體在補體參與下能殺傷腦膜炎奈瑟菌。6個月內的嬰兒可通過母體獲得lgO抗體，故很少發生感染。6個月以後，因來自母體的抗體水平逐漸下降，嬰兒對疾病的易感性逐漸增強，故6個月—2歲年齡組嬰兒免疫力最低，是腦膜炎奈瑟菌的易感人群。成人因隱性感染獲得免疫力，所以感染後大多數成為帶菌狀態。
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