微生物汙染是導致食品腐敗變質的首要原因，生產中必須采取綜合措施才能有效地控製食品的微生物汙染。
(一）加強生產環境的衛生管理
食品加工廠和畜禽屠宰場必須符合衛生要求，及時清除廢物．垃圾．汙水和汙物等；生產車間．加工設備及工具要經常清洗．消毒，嚴格執行各項衛生製度。操作人員必須定期進行健康檢查，患有傳染病者不得從事食品生產；工作人員要保持個人衛生及工作服的清潔。生產企業應有符合衛生標準的水源．
(二）嚴格控製加工過程中的汙染
自然界中微生物的分布極廣，欲杜絕食品的微生物汙染是很難辦到的。因此，在食品加工．貯藏．運輸過程中盡可能減少微生物的汙染，對防止食品腐敗變質就顯得十分重要。遠用健康無病的動植物原料，不使用腐爛變質的原料．采用科學衛生的處理方法進行分割．衝洗；食品原料如不能及時吃力需采用冷藏．冷凍等有效方法加以貯藏．避免微生物的大量繁殖。食品加工中的滅菌條件，要能滿足商業滅菌的要求。使用過的生產設備．工具要及時清洗．消毒。
(三）注意貯藏．運輸和銷售衛生
食品的貯藏、運輸及銷售過程中也應防止微生物的汙染，控製微生物的大量生長；采用合理的貯藏方法，保持貯藏環境符合衛生標準。運輸車輛應做到專車專用，有防塵裝置，車輛應經常清洗消毒。
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