該菌廣泛存在於自然界，特別易存在於各種天然水源及人工冷、熱水管道係統中，如醫院空調冷卻水、淋浴頭、輔助呼吸機等產生的氣溶膠中，故能以氣溶膠方式傳播。
1、致病物質與其產生的微莢膜、菌毛、毒素和多種酶類有關。微莢膜具有抗吞噬作用，能抑製吞噬溶酶體的形成；菌毛能使細菌黏附到下呼吸道上皮細胞並定居增殖；蛋白酶、磷酸酶、酯酶、DNA酶、RNA酶等多種酶能引起組織損傷；核酸酶和細胞毒素等能抑製吞噬體與溶酶體融合。此外，嗜肺軍團菌被吞噬細胞吞噬後可在細胞內繁殖，導致細胞死亡裂解，故該菌是重要的胞內寄生菌。
2、所致疾病軍團病主要是通過呼吸道吸人帶菌飛沫、氣溶膠而感染，多流行於夏秋季，為全身性疾患。臨床類型有流感樣型（輕症型）、肺炎型（重症型）和肺外感染三種臨床類型。流感樣型又稱為龐提阿克熱，可出現發熱、不適，頭痛和肌肉疼痛，預後良好。肺炎型多見夏季流行，免疫力低下者易感染。此型起病驟然，寒戰高熱、咳嗽、胸痛，以肺部感染為主伴多器官損害，全身症狀明顯，最終導致呼吸衰竭。肺外感染型為繼發性感染，當重症軍團病發生菌血症而擴散到腦、腸、腎、肝、脾等部位時，會出現多髒器感染的症狀，臨床表現多種多樣。後兩型如不及時治療，死亡率可達15%以上。多發於50發歲以上的男性。
3、免疫性機體感染細菌後可產生抗體，並能促進吞噬細胞的吞噬作用，但不能加強細胞內的殺菌作用。嗜肺軍團菌為胞內寄生菌，細胞免疫在抗感染中起主要作用。
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