金黃色葡萄球菌所致疾病有侵襲性和毒素性兩種類型。
1、侵襲性疾病主要引起化膿性炎症。葡萄球菌可通過多種途徑侵入機體，導致皮膚或器官的多種感染，甚至敗血症。
（1）局部感染：主要由金黃色葡萄球菌引起的皮膚軟組織感染，如癤、癰、毛囊炎、膿痤瘡、甲溝炎、麥粒腫、蜂窩組織炎、傷口化膿等，感染的特點是膿汁呈黃色而黏稠，病灶界限清楚，多為局限性。此外還可引起氣管炎、肺炎、膿胸、中耳炎、骨髓炎、腦膜炎、心包炎等內髒器官感染。據統計，約50%骨髓炎是由金黃色葡萄球菌引起的。金黃色葡萄球菌肺炎多見於抵抗力弱的兒童及老年人。
（2）全身感染：若皮膚的原發化膿灶受外力擠壓或機體抵抗力下降，則會促進細菌從局部擴散人血流引起敗血症、膿毒血症等，多由金黃色葡萄球菌引起，新生兒或機體防禦功能嚴重受損時表皮葡萄球菌也可引起嚴重敗血症。
2、毒素性疾病由葡萄球菌產生的有關外毒素引起 。
（1）食物中毒：葡萄球菌食物中毒起病急，通常在進食含腸毒素食物後經1—6h潛伏期，出現惡心、嘔吐、上腹痛、腹瀉等急性胃腸炎症狀，嘔吐最為突出。大多數患者於24—72h內可 自行恢複，預後良好。
（2）燙傷樣皮膚綜合征：多見於嬰幼兒和免疫功能低下的成人。開始皮膚有紅斑，1—2d表皮起皺，繼而出現含無菌清亮液體的水皰，輕微損傷可破潰，最後表皮脫落。
（3）毒性休克綜合征（TSS）：由產生TSST-1的金黃色葡萄球菌引起，是一種急性發作的多係統損害的病症。患者主要表現為突然高熱、低血壓、紅斑皮疹伴脫屑，嚴重時出現休克，半數 以上患者有消化道、肝、腎、血液、中樞神經係統受累表現，偶爾有心髒受累的表現。
（4）假膜性腸炎：本質是一種菌群失調性腸炎，病理特點是腸黏膜被一層炎性假膜所覆蓋，該假膜由炎性滲出物、腸黏膜壞死塊和細菌組成。人群中約10%—15%人的腸道有少量金黃色葡萄球菌寄居，當優勢菌如脆弱類杆菌、大腸杆菌等受抗菌藥物作用而被抑製或殺滅後，耐藥的金黃色葡萄球菌乘機繁殖並產生腸毒素，引起以腹瀉為主的臨床症狀。
過去認為，金黃色葡萄球菌是葡萄球菌屬中惟一的致病菌，而凝固酶陰性葡萄球菌（CNS）是對人類無害的共棲菌。近年來，臨床和實驗室檢測結果均已證實CNS已經成為醫源性感染的常見病原菌，且其耐藥性也給臨床診治造成極大困難，日益引起醫護人員和微生物學者的重視。凝固酶陰性葡萄球菌是人體正常菌群成員，與金黃色葡萄球菌相比，其毒力因子較少，致病性很弱。其致病機製主要與細菌細胞壁外的黏液物質和溶血素（溶血素、溶血素）有關，前者在細菌黏附、抗吞噬和抵抗宿主的免疫防禦作用中有重要的致病作用。
凝固酶陰性葡萄球菌有30多種，包括表皮葡萄球菌、腐生葡萄球菌、人葡萄球菌、溶血葡萄球菌、頭葡萄球菌等。從人類感染中分離最多的是表皮葡萄球菌。
凝固酶陰性葡萄球菌主要侵犯免疫功能低下者和兒童，常見的感染類型如下：
（1）泌尿係統感染：為年輕婦女急性膀胱炎的主要致病菌，尿道感染僅次於大腸埃希菌。以表皮葡萄球菌、人葡萄球菌和溶血葡萄球菌多見。使用器械檢查尿道或原有尿道疾病的老年男性患者易發生這類感染。
（2）細菌性心內膜炎：常因心瓣膜修複術而發生感染，主要為表皮葡萄球菌。
（3）敗血症：凝固酶陰性葡萄球菌引起的敗血症僅次於大腸埃希菌和金黃色葡萄球菌，常見的是溶血葡萄球菌和人葡萄球菌。
（4）術後感染：心髒起搏器安裝、置換人工心瓣膜、長期腹膜透析、靜脈滴注等也可造成凝固酶陰性葡萄球菌的感染。目前，醫院內耐甲氧西林的表皮葡萄球菌感染已成為瓣膜修複術或胸外科手術的嚴重問題。
免疫性
人類對致病性葡萄球菌有一定的天然免疫力。隻有當皮膚黏膜受創傷後，或機體免疫力降低時，才易引起感染。患病後所獲免疫力不強，難以防止再次感染。
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