一、按成分的不同分
1．天然培養基
主要成分是複雜的天然有機物質，如馬鈴薯、豆芽汁、牛肉膏、蛋白腖、血清等。這些複雜天然有機物質的成分不完全了解，每次所用的原料，其中各成分的數量也不恒定。這類培養基是實驗室常用的培養基，例如牛肉膏蛋白腖培養基、馬鈴薯培養基等。
2．合成培養基
用化學成分完全了解的純試劑配製而成的培養基，如高氏1號培養基，查氏培養基等。一般用於營養代謝、分類鑒定、菌種選育、遺傳分析等。
二、按培養基的物理狀態分
1．固體培養基
在液體培養基中加入凝固劑即為固體培養基。實驗用的凝固劑有瓊脂、明膠和矽膠，後者用於配製自養微生物的固體培養基。對其他多數微生物來講，以瓊脂最為合適，一般加入1．5—2．5%即可凝固成固體。此培養基可供分離、鑒定、活菌計數、菌種保藏等用。
2．半固體培養基
在液體培養基中加入少量凝固劑即為半固體培養基，例如瓊脂隻需加入0．2—0．7%。常用作細菌動力檢查和菌種保存、噬菌體製劑的製備等。
3．液體培養基
沒有加瓊脂，配好後成液體狀態的培養基。常用於生理代謝的研究和工業發酵等。
三、按培養基的用途分
1．基礎培養基
含有一般細菌生長繁殖需要的基本的營養物質。最常用的基礎培養基是上麵提及的天然培養基中的牛肉膏蛋白腖培養基。這種培養基可作為一些特殊培養基的基礎成分。
2．營養培養基（加富培養基）
在基礎培養基中加入某些特殊營養物質，如血液、血清、酵母浸膏或生長因子等。用以培養對營養要求高的微生物，如培養百日咳杆菌需要含有血液的培養基。
3．鑒別培養基
是一類含有某種特定化合物或試劑的培養基。某種微生物在這種培養基上培養後，它所產生的某種代謝產物與這種特定的化合物或試劑能發生某種明顯的特征性反應，根據這一特征性反應可以將某種微生物與其他種微生物區別開來。主要用於不同類型微生物的快速鑒定，如用來檢查細菌能否產生硫化氫的醋酸鉛培養基。
4．選擇培養基
利用微生物對某種或某些化學物質的敏感性不同，在培養基中加入這類物質，抑製不需要的微生物生長，而利於所需分離的微生物生長，從而達到分離或鑒別某種微生物的目的，如分離真菌的馬丁氏培養基。既有選擇作用又有鑒別作用的培養基，如鑒別腸道杆菌的遠藤氏培養基等。
微生物的生長繁殖除需要一定的營養物質以外，還要求適當的pH範圍。不同微生物對pH的要求不一樣，黴菌和酵母菌的培養基的pH是偏酸性的，而細菌和放線菌的培養基的pH為中性或微堿性的。所以配製培養基時，都要根據不同微生物對象用稀酸或稀堿將培養基的pH調到合適的範圍。但配製pH低的瓊脂培養基時，如預先調好pH並在高壓蒸汽下滅菌，則瓊脂因水解不能凝固，因此，應將培養基的成分和瓊脂分開滅菌後再混合，或在中性pH條件下滅菌後，再調整pH。
此外，由於配製培養基的各類營養物質和容器等含有各種微生物，因此，已配製好的培養基必須立即滅菌，以防止其中的微生物生長繁殖而消耗養分和改變培養基的酸堿度而帶來不利的影響。
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