消毒（disinfection）與滅菌（sterilization）兩者的意義有所不同。消毒一般是指消滅病原菌和有害微生物的營養體而言，滅菌則是指殺滅一切微生物的營養體、芽孢和孢子。消毒與滅菌的方法很多，一般可分為加熱、過濾、照射和使用化學藥品等方法。
一、加熱法
又分幹熱滅菌和濕熱滅菌兩類。
1．幹熱滅菌
有火焰燒灼滅菌和熱空氣滅菌兩種。火焰燒灼滅菌適用於接種環、接種針和金屬用具如鑷子等，無菌操作時的試管口和瓶口也在火焰上作短暫燒灼滅菌。通常所說的幹熱滅菌是在電烘箱內滅菌，此法適用於玻璃器皿如吸管和培養皿等的滅菌，在熱空氣160—170℃下保溫2小時進行滅菌。
2．濕熱滅菌
（1）高壓蒸汽滅菌法此法是將物品放在高壓蒸汽滅菌鍋內1．05kg/cm2 （15磅/英寸2），121．3℃保持15—30分鍾進行滅菌。時間的長短可根據滅菌物品種類和數量的不同而有所變化，以達到徹底滅菌為準。這種滅菌適用於培養基、工作服、橡皮物品等的滅菌。
（2）間歇滅菌法 有少數培養基例如明膠培養基、牛乳培養基、含糖培養基等用幹熱滅菌和高壓蒸汽滅菌均會受到破壞，則必須用間歇滅菌法。此法是用阿諾氏流動蒸汽滅菌器（圖Ⅵ-1）進行滅菌。該器底層盛水，頂部插有溫度計，加熱後水蒸汽溫度達到100℃時，即循環流於器內，水蒸汽碰到器內物體時，又凝成水，流至底層貯水處，故不至幹涸。滅菌時，將培養基放在器內，每天加熱100℃30分鍾、連續三天，第一天加熱後，其中的營養體被殺死，將培養基取出放室溫下18—24小時，使其中的芽孢發育成為營養體，第二日再加熱100℃30分鍾，發育的營養體又被殺死，但可能仍留有芽孢，故再重複一次，使徹底滅菌。一般凡能用高壓蒸汽滅菌的物品均不采用此法滅菌。
（3）煮沸消毒法 注射器和解剖器械等可用煮沸消毒法。一般微生物學實驗室中煮沸消毒時間為10—15分鍾，人用注射器和手術器械在有條件的地方，一般均采用高壓蒸汽滅菌法或幹熱滅菌法滅菌。
二、過濾除菌
許多材料例如血清與糖溶液應用一般加熱消毒滅菌方法，均會被熱破壞，因此，采用過濾除菌的方法。應用最廣泛的過濾器有蔡氏（Seitz）過濾器和膜過濾器。蔡氏過濾器是用銀或鋁等金屬做成的，分為上、下兩節，過濾時，用螺旋把石棉板緊緊地夾在上、下兩節濾器之間，然後將溶液置於濾器中抽濾。每次過濾必須用一張新濾板，蔡氏過濾器的結構如圖Ⅵ-2。濾膜過濾器的結構與蔡氏過濾器相似，隻是濾膜是一種多孔纖維素（乙酸纖維素或硝酸纖維素），孔徑一般為0．45μm，過濾時，液體和小分子物質通過，細菌被截留在濾膜上，但若要將病毒除掉，則需更小孔徑的濾膜。
三、紫外線滅菌
紫外線波長在200—300nm，具有殺菌作用，其中以265—266nm殺菌力最強。無菌室或無菌接種箱空氣可用紫外線燈照射滅菌。
四、化學藥品滅菌
化學藥品消毒滅菌法是應用能殺死微生物的化學製劑進行消毒滅菌的方法。實驗室桌麵、用具以及洗手用的溶液均常用化學藥品進行消毒滅菌。常用的有2%煤酚皂溶液（來蘇爾）、0．25%新潔爾滅、1%升汞、3—5%的甲醛溶液、75%酒精溶液等。
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