提純蛋白質後，需要測定其最小抑菌濃度（MIC），抑菌率（%）= (陽性對照OD值—試驗OD值) / (陽性對照OD值—陰性對照OD值 )X100
諸多藥敏試驗方法中，肉湯稀釋法是標準方法，瓊脂稀釋法也可認為屬於標準方法。其他任何方法必須與標準方法比較，才能確定可靠性。其他方法之間相互比較沒有太大價值。比較須平行測定耐藥菌株和敏感菌株。耐藥菌株，被評價方法與標準方法的誤差稱極重要誤差，不得大於3%；敏感菌株，被評價方法的誤差稱重要誤差，不大於7%。
1、紙片法藥敏試驗
用敏感菌株做質量控製。此外，ATCC25923，ATCC25922，ATCC27853三個菌株還具備校準作用，此點往往被忽視。在NCCLS有關文件中，質量控製一節的第一部分就是講方法的校準。由於培養基和操作的原因，國內大部分實驗室的藥敏試驗沒有經過校準，試驗的準確度差異很大。校準過程中，須注意用適合的參考菌株校準相應菌類的藥敏試驗。如葡萄球菌藥敏試驗用ATCC25923校準；腸杆菌藥敏試驗用ATCC25922校準。
2、篩選法藥敏試驗
必須用耐藥菌株做質量控製，最好是低水平耐藥菌株。MRS篩選試驗以ATCC43300控製。萬古黴素篩選試驗，以ATCC51299控製。
3、稀釋法藥敏試驗
對質量控製要求較高，特別是微量稀釋法，必須做質量控製，否則會出現較大誤差。具體方法須依照NCCLS文件的有關部分。
與不同的菌種和不同的藥物，breakpoint 是不一樣， 對於抗菌實驗和結果解釋，不同的國家有不同的標準，目前國際上最常用的是美國CLSI的標準，差不多每年都會有更新。其次英國的BSAC標準也有人用，尤其是有些新藥在CLSI上沒有的，可以參考BSAC， 相對於CLSI， BSAC breakpoint 更低一些。
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